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Kazuma et Haruka ont coupé les ponts avec le monde des yakuza et ont quitté Kamurocho pour commencer une nouvelle vie à Okinawa, où ils s'occupent désormais d'un orphelinat. Mais leurs vies paisibles sont rapidement interrompues par une série d'événements qui forceront Kazuma à un sombre retour vers son passé pour pouvoir protéger ceux qu'il aime.
Faisant sa première apparition exclusivement sur la console PlayStation 3, l'histoire riche et l'univers prenant de Yakuza 3 permettent au joueur de se lancer dans d'intenses combats dans les rues d'Okinawa et au cœur de la ville de Tokyo, aussi animée que dangereuse, où seuls les plus forts peuvent survivre.