Tim Templeton et son petit frère Ted, le fameux Baby Boss, sont devenus adultes mais ne se parlent plus. Tim ne supporte plus Ted qui ne pense qu'à l'argent. Tina, le bébé de Tim et de sa femme Carol, veut qu'ils enterrent la hache de guerre et leur fait boire le lait de Baby Corp qui permet de redevenir un nouveau-né pendant 48 heures. Parallèlement, elle enquête sur l'école de sa sœur Tabitha, et plus spécialement sur son fondateur, le mystérieux docteur Edwin Armstrong. C'est en fait un génie du mal qui apprend aux enfants à être de très vilains bébés. Tim et Ted, désormais enfants, vont devoir coopérer pour contrecarrer ses plans...
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